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南京大学研究生培养机制改革是从2007级新生中开始进行的。培养机制改革，主要是强调：以科学研究为主导的导师责任制，以科研项目经费为引导的导师资助制。主要是加强对导师的遴选和对学生的资助，提高导师的责任意识和学生的综合素质。具体的奖助学金比例我们是这样的。对非定向的硕士生，20%是A类奖学金，每月500块钱，80%是B类奖学金，每月300块钱。定向的、委托的、自筹经费的学生不在此类。对非定向的博士生，我们每个月600块钱。除了这个奖助学金之外，南京大学还有助研费，通过导师的科研经费来提供，这是根据导师的课题大小、学生的科研表现综合确定的。硕士生是200-1000元，博士生是200-1500元。另外还有一个是英才计划，学校特意拿了一笔钱，在国家重点学科，数学、物理学、化学、天文学等试点，挑选100名优秀学生硕博连读，资助他们1200元/月。
南京大学最近几年是稳定规模，内涵发展，2009年的规模：硕士生2500名左右，博士生950名左右。在招生计划的分配上兼顾学科发展、社会需求、培养力量等因素，继续向重点学科、交叉学科、新兴学科倾斜。在硕士生、博士生学科结构上面我们稍微有点不一样的地方，就是在硕士生上面，文科类的专业，我们指文学、哲学、历史学、法学、教育学、经济学、管理学这些专业占50%的比例，理学、医学、工学，这些专业也占50%，即：在硕士生层次是文理各占50%，在博士生层次，对理工类倾斜，占60%，文科占40%。截至2007年9月底，南京大学在校研究生是11030名，其中博士生3656名，硕士生7374名。
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